在实际的应用中，全自动血细胞分析仪的使用十分频繁，因此仪器在进行一定量的标本检测后需要进行清洗，否则可能会出现堵孔等现象，仪器堵孔的发生可能有多种原因，采血手法、血液的抗凝、血液存储、溶血剂等等等等。因此有些品牌的全自动血细胞分析仪在设计上，加入了自动清洗功能。
一般来说，在进行一定次数的标本检测之后，就需要进行仪器自动清洗，次数的限制每个厂家要求不一，一般都在50次左右。每次清洗大概需要耗费几分钟时间，其次就是在仪器刚开机时进行的质控测试外，标本测试过程中每隔一定的标本数就要跟一个质控测试，时刻监测仪器状态，这样轻微的堵孔负压不足的问题也就能及时发现了。
仪器的堵孔现象主要是小孔和管道有蛋白、碎片附着，清洁剂效果不好就起不到应有的作用，势必造成久后堵孔。全自动血细胞分析仪厂家众多，不同厂家的仪器所配备的清洗剂也不同，因此在使用时尽量使用同一厂家的产品，避免因清洗不净或理化程度太高影响仪器计数。严重分析不出原因的堵孔需要仪器厂家的维修工程师来解决，尽量不要私自对仪器进行拆装修整，维修工程师在维修结束或者查找问题的时候，一般选择一个较大的测试区间内分别设置质控监测来判断问题的所在，全面分析仪器发生堵孔的原因，从而排除故障。
